广州“三二九”起义失败后,福建革命党人立志复仇。1911年6月,同盟会福建分会在福州开会,决定加紧活动。为加强同内地党人的联系,林斯琛奉派前往上海和长江各埠联络。史家麟、潘祖彝等在上海参加了同盟会中部总会的发起。在福州,分会会长郑祖荫则以省谘议局常驻议员的身份出现,通过公开团体桥南公益社在社会上联络各界,暗中扩展同盟会组织。武昌起义后,官府十分惊慌,社会秩序混乱,同盟会分会便趁机全力以赴地筹备起义。他们在学界、商界都有良好的基础,掌握有民团、体育会,但与军界关系有限。这时,分会成员彭寿松从武汉归来,立即发起组织福建军警同盟会,吸收新旧军官兵和警察参加革命。福建因过去由湘军驻守的关系,湖南人在军警界势力很大,彭是湘军将领之后,曾任省城保甲局总办,便利用这种身份广为招徕,使军警同盟会迅即发展到近万人。新建陆军第十镇是驻闽清军的精锐,闽浙总督松寿却不信任新军,将新军弹药收存于旗界,革命党人便设法争取新军将领。10月30日,第二十协统领许崇智至桥南公益社宣誓加入同盟会。11月5日,该镇统制孙道仁也由彭寿松主持加盟。争取到新军官兵之后,起义的条件成熟了。
        11月4日,上海等地光复的消息传到福州,城里商店停业,居民走避。福州将军朴寿一面派旗兵分防,一面也偷运家财,预备逃跑。5日,同盟会在城外白泉庵召集军事会议,成立由郑祖荫等组成的总机关部,以桥南社为发号施令的总机关。同日,郑祖荫、林斯琛代表同盟会与新军将领许崇智、林肇民等在台江舟上会晤,秘商起义军事方略,议定在花巷设立国民军司令部,以许为前敌指挥官,节制所有新军,起义时,先占领于山,放火为号,先烧都统、将军二署,后烧旗下街,留东门不攻,给旗兵一条生路。起义日期,定在11月12日。6日,彭寿松又往台江会见孙道仁,孙决心全军反正。
        7日下午,谘议局开会,经副议长刘崇佑提议,一致决议:所有福建之政务,此后由新政府施行。8日,谘议局照会松寿,要他交出权力,并缴出旗兵的枪械弹药。由于敌人的实力并未全部瓦解,这种和平接管的愿望当然只能是一厢情愿。松寿顽固地反对交权,命令所部整顿备战,预定次日直扑桥南社,消灭革命力量的首脑,并组织杀汉队,妄图施行种族屠杀。面对这种情况,同盟会总机关和起义军司令部紧急决定于当晚起义,以武力消灭顽抗的敌人。
        当天,武备学堂和福州各校学生齐集桥南社,分编为炸弹队、洋枪队,炸弹队入城随军攻守,洋枪队占领和守卫城内外重要单位。9日零时,新军出动,迅即占领于山,在其北面山腹布防,装置大炮。彭寿松率炸弹队攀登而上,与新军会合。旗兵以法政学堂为中心点,据民房作战,并派人四处放火,以阻止革命军的进攻。新军和炸弹队在密集的炮火掩护下前进,旗兵不支退却,死伤数百人。革命军树大旗招降,旗兵纷纷逃亡。松寿闻败,吞金自杀。晚,朴寿写降书请求停战。10日黎明,旗营挂起白旗,革命军正准备受降,不意突出数百旗兵,直扑于山,劫夺大炮,双方短兵相接,拼死搏斗,许崇智等将领也亲上火线,终将敌人杀退。朴寿头天晚上求降后即行逃跑,被炸弹队活捉,拘押在司令部,这时,他乘清军反扑逃出,被抓回即行正法。松寿、朴寿死后,旗兵零散的反抗迅速被消灭;大批旗兵投降,受到革命军的优待。
        11月11日,同盟总机关由桥南移入城内。郑祖荫等率新军、学生军和同盟会员列队前往旧督署,沿途受到居民的夹道欢迎,各商店悬旗庆祝,爆竹争鸣。改督署为福建都督府,由同盟会分会推举职员,孙道仁为都督,同盟会员彭寿松、郑祖荫、林斯琛、黄光弼、李恢、刘通等十人为参事员,协同都督掌握政权。同日,选定彭寿松为参事会会长,并决定各部正副部长十人人选。至12月8日,又决定将参事会改为政务院,任命彭寿松为政务院总长,林斯琛、郑祖荫为副长,高登鲤(原谘议局议长)、陈能光、陈之麟(华侨)、林之夏、郑烈、黄展云、黄乃裳、翁浩分任各部部长,林森、萧奇斌、林长民、蔡良垣、潘祖彝等分任次长。此外,还保留了省谘议局,作为都督府的咨询机关。福建都督府虽吸收了立宪派人物参加,但实权牢牢掌握在同盟会手中。
        福建都督府宣布自身只是一个过渡性政权,“施政方针,一切均以蕲至共和为旨”^[1]。它强调“共和政体之精神,首在三权之分立”^[2],为不使“政府骄横渐成无对之尊”^[3],它积极筹设省议会,并决定改正清朝的审判制度。孙道仁还下令豁免厘金及1910年以前旧欠钱粮,改良租税,以利民生。外交部长陈能光致书本省和外洋各商会,要求他们支持新政权,他谴责了清朝政府同帝国主义签订的不平等条约,表示“他日‘国际条约’终有修改之一日”^[4],鼓励商人、侨胞为此努力。新军整顿以后,以许崇智为闽军北伐总司令,于12月率杜持一协北上。这支军队后由杜持率领赴山东烟台,在那里和清军作战。
        福州起义前后,福建各地革命党人和民众也在积极准备夺取当地政权。都督府成立后,命令各地原有地方官和民众团体、自治所一同维护地方治安,等待省方派官员接管。这样,福建大部分地区,如兴化(治莆田)、福宁(治霞浦)、延平(治南平)、建宁(治建瓯)、邵武、泉州(治晋江)、漳州(治龙溪)各府,都是在革命党人、民众或官吏宣布、承认光复后兵不血刃地接管的,只有厦门、汀州(治长汀)两府由革命党人起来夺取了政权,而经过比较激烈战斗的仅仅汀州一府。
        厦门地方革命党人力量较强,同盟会员张海珊、光复会员王振邦在此积极准备光复。11月8日,清厦门道庆蕃逃走,10日,福州光复,王振邦等见形势已成,去找厦门自治会会长陈子挺商量光复问题,陈不赞成武装起义,同盟会骨干乃自行决定于15日起事。到15日,他们召集了群众大会,宣讲革命宗旨,然后率领数千群众列队向道台衙门进发,吏胥奔逃一空。次日,厦门军政分府成立,张海珊被推为统制。厦门革命党人因籍贯不同而分成福州、厦门两派,张属于人数较少的福州派,不久即遭到王振邦为首的厦门派的攻击,发生内讧。省方派参事员宋渊源安抚闽南,出面调解,由省中派出道尹、司令驻厦,另设参事会,聘请当地革命党人和绅士参与政务。
        汀州府与省会相隔虽远,但在广东影响下,早有革命党人在活动。11月19日夜,上杭在同盟会员涂演凡(广东大埔人)等的促进下宣布独立。次日,游勇樊彪部侵扰上杭,为保卫治安,涂等向大埔革命军请援。大埔已于13日由革命党人光复,组成军队向汀州发展,18日光复永定。24日,大埔民军司令李宗尧派童国珍率部抵上杭,成立军政府,以童国珍为军政长,收缴了清军枪械。同日,会党温开元也率所部民军入城,与童部冲突,26日,李宗尧到杭,当晚消灭了温部。但是,知县龚开富以孙道仁有令保守地方,拒不交印,绅士们也与军政府离心离德,加以军政府禁烟禁赌,地痞流氓也蠢蠢欲动,革命政权并不稳固。27日,府城长汀的同盟会员约集当地清军宣布独立,被守旧派阻挠,也请李宗尧派军前往。30日,民军到达,成立军政府,以教员刘家驹为民政长。军政府要清军移交军政权并缴出枪械,清军拒绝,恰好樊彪率部窜汀,二者便勾结谋叛。12月4日,民军仓促应战,激战四昼夜,不支突围,李宗尧出走,刘家驹等三十余人被害。长汀失败后,上杭反动势力愈加嚣张,12月18日,龚时富勾结民团、地痞流氓袭击民军,杀害了童国珍等四十余人,上杭革命势力失败。1912年1月,孙道仁始派军赴汀州接管政权,但是汀州的反动势力并未受到应有惩处。
        福建都督府成立后,军警同盟会与同盟会福建分会于11月21日合并,郑祖荫将分会会长职让于彭寿松。彭一手掌握党政大权,日渐骄横跋扈。他只依靠原军警同盟会的一帮人,对清朝官僚马绛生尤其言听计从。很快,就因权力问题与孙道仁、许崇智发生矛盾,彭没有军队,便组织卫队两营,由其子统领。其侄彭荫祥要挟都督府授予延建邵道尹职务,下属三府均由亲信担任,割据一方。同盟会元老郑祖荫、林斯琛、刘通等也被彭疏远,虚居其位。原来军警同盟会的人,成分复杂,不守法令,在社会上为非作歹,弄得民怨沸腾。为了制止舆论的反对,彭指使其部下刺杀了同盟会员蒋筠、黄家宸,封闭报馆,逮捕主笔苏眇公。这样,社会上的反对更加强烈,守旧分子在背后推波助澜,一些力图维护革命政权和同盟会威信的人,也为之束手。
        彭寿松在福建起义中立有大功,后来牺牲在反袁斗争中,但是他个人权势欲很大,更不懂得怎样职掌政权。他的胡作非为,损害了同盟会的威信,动摇了革命政权的基础,使得袁世凯的北洋势力有借口插入福建。