正当整个讨袁战线崩溃之际,南京于8月11日再次宣布独立,重新举起了讨袁的大旗。
        在此之前,袁世凯任冯国璋为第二军军长、江淮宣抚使,于7月24日率部自天津南下。袁命其沿铁路进兵,速取临淮;同时命张勋取道清江、扬州,由水路进取镇江,与冯会攻南京。可是,由于铁路遭南撤讨袁军破坏以及镇、扬两军发生内讧等原因,他们的进军速度大受影响。迟至8月11日,冯国璋前锋施从滨一部才抵达浦口,张勋前锋更于12日才到达南京郊外的龙潭。尽管袁世凯一再催促他们进兵南京,但也无法阻止南京的再次独立了。
        南京自取消独立之后,军政各界一再电请程德全、应德闳返宁收拾残局。但程已无意从政,仅派杜淮川至宁出任第一师师长。杜威望不足,难以控制局面。当时,中上级军官都已丧失斗志,只待北军前来接洽。但第八师、第一师等部的下级军官及士兵群众,对取消独立表示强烈不满。袁命将南下,曾一再指令北军“凡遇有自称取消独立之军队,必勒令缴械,给资遣散,诛其渠魁”^[1]。南京军队听说后更加愤怒,遂纷纷集会,决心誓死抵抗。
        激进的革命党人何海鸣、韩恢,在各地讨袁独立运动掀起后曾赴苏北活动,因无成效,回到镇江,获悉黄兴出走,星夜赴宁图谋补救。时詹大悲、戴季陶也到南京活动,但双方缺少联系。韩恢与第一师士兵有广泛的联系,即从运动该师着手。8月8日中午,何海鸣率百余人占领都督府,宣布“卷土重来,恢复独立”^[2],自任江苏讨袁军临时总司令,推陈之骥为江苏都督。何派代表往迎陈履任,陈初不应,旋派他的参谋首斌与何接洽。至晚,首斌又偕参谋长袁华选将何劫往八师司令部,由陈之骥宣布再次取消独立。
        鉴于军情不稳,陈之骥经英国领事的联系,偕宪兵司令茅乃封于8月10日渡江至其岳父冯国璋军营,商谈和平解决方法。是夜,第八师二十九团下级军官和士兵群众首先起义,击毙企图阻止起义的代理团长李浚,不久又与第一师官兵联合起来,拥入第八师司令部,将何海鸣迎至小营二十九团团部,并宣布解散第八师司令部,以断绝陈之骥的归路。八师高级军官纷纷逃跑,旅长王孝缜躲到船上电告陈之骥部队哗变,陈仓促赶回。11日下午,何海鸣宣布第三次独立。陈之骥回宁,见大势已去,便在日本领事馆参赞护送下乘日本军舰转往上海,后赴日流亡。
        戴季陶于何海鸣第一次宣布独立时,又从上海赶到南京,旋因独立失败,本想重回上海,适再次独立成功。二十九团派人把他接到团部,希望得到上海方面的支援。戴对何海鸣说:“予须回沪一次力筹之,此间事须以知兵之人为司令,钮永建可承其乏,尔可退让贤路也。”^[3]但沪上名将均知难而退,并未一至南京,而从上海来的经济支援也十分有限。
        8月13日,张勋到达龙潭。他以为可以“趁其内乱,速行进取”^[4],一面要求冯国璋自大胜关、三汊河渡江配合,一面令所属部队火速进攻,企图一举占领南京锁钥天保城。14日拂晓,张勋所部武卫前军不待冯部协同作战,即偕江苏第四师(师长徐宝珍,徐宝山之弟)突袭紫金山。由于驻守部队叛变,张勋不战而克。旋为城守部队发觉,富贵山炮台当即发炮反击,第八师等部亦发起反攻,至中午夺回天保城,随即在天保城架炮,轰击紫金山。下午6时,张、徐两军不支,弃山而走。是役,据北军战后报告,徐军被击毙团、营、连长各一名,排长以下五十五名,旅长方更生重伤;张军被击毙管带(营长)一名,伤管带二名,死伤士兵无算。张勋第一天进攻即遭惨败,锐气顿挫。惜讨袁军有战斗力的部队不多,且无深通军事的将校指挥,未能自雨花台出奇兵抄袭张勋后路,围歼敌军。同日,投降北军的张宗昌第三师一部偷渡长江,潜入下关,被守军歼灭大半,残部退入南京东北要地幕府山。16日,冯国璋曾命令渡江,但未能成功,仅第三师一部占领老虎山。同日,张勋佯攻雨花台,突袭天保城,虽曾一度占领,但由于讨袁军主力第八师二十九团的反攻,旋即丢失。翌日,讨袁军乘胜收复紫金山。
        在南京城内,新任第一师师长徐涛、第八师师长李可钧、卫戍团团长吴浩联络南京地方维持会,勾结北军图谋献城叛变,取消独立。16日下午,何海鸣卫队被卫戍团击散,何一度躲入金陵医院。第八师二十九团、第一师第三团等部士兵得知消息后,十分愤怒,是日深夜,第八师士兵围攻师部,镇压了李可钧和徐涛,但攻击卫戍团时失利。翌日,吴浩仍出布告,取消独立。一、八两师士兵遂联合击溃卫戍团,吴浩逃走。取消独立的阴谋再一次为革命士兵所粉碎。
        此后,张尧卿乘变乱自任为江苏都督,何海鸣兼第八师师长,韩恢任第一师师长。但是,这一新的领导集团也缺乏威望。何海鸣是个浮躁文人,不懂军事,不为军人所信赖。连韩恢也说:“余等之举何海鸣为总司令,不过儿戏而已。何为文人,彼岂知兵哉?”^[5]张尧卿则因谋镇江独立未成,转入南京,在军中并无基础。实际上,南京重新独立始终没有一个坚强的领导集团。南京的战斗,是以在天保城一线的第八师第二十九团和在雨花台一线的第一师第三团为主的士兵群众依靠高度的革命精神自觉进行的。“军队举动,悉由兵士自为”^[6]。每当临敌,士兵们无须军官督促,欢欣鼓舞,勇往直前,几乎人自为战。他们一不谋官,二不为财,除第一师部分士兵纪律不良外,主力第八师始终保持着自觉的纪律,使战时的南京保持着良好的治安。
        19日,张勋再次对南京发起猛烈攻击,重占天保城,并先后三次向太平门、洪武门一线发动进攻,一度攻入太平门,但遭城内讨袁军的堵截,被迫退回。20日晨,第八师二十九团、三十二团及炸弹队等部向天保城发起反攻,再次予以收复,但翌日下午,终因寡不敌众,复为张勋所占。这时,退至芜湖的安徽讨袁军总司令柏文蔚,应南京方面的邀请,于8月19日率卫队一营及宪兵共约一千多人到达南京,给血战中的南京军民以很大的鼓舞。柏文蔚当即被推举为江苏都督兼第八师师长,领导南京的讨袁战争。21日晚,在柏文蔚指挥下,讨袁军向天保城发动反攻,但未能攻下,终使南京城失去了屏障。天保城的争夺战凡五得五失,讨袁军给予张勋所部以严重的杀伤,表现了高度的英雄气概。
        当张勋和讨袁军血战的时候,冯国璋一直在隔江观火。22日,冯国璋看到张勋已确实占领天保城,才命令第二师和第五师于翌晨分别向神策门、太平门发起攻击。但是,冯又指示:“本军首天攻击,早迟必定成功,无须太为着急。”^[7]显然,他是要让张勋去火中取栗。24日,袁世凯担心南京久攻不下,他处再起,训令海军总长刘冠雄“会合海陆各军迅速荡平,切勿延缓,致牵动大局。陆军大队尚未渡江,望刘使(时刘任南洋巡阅使)速设法护渡”^[8]。是日,雷震春(时任第七师师长)率部由上海开抵镇江登陆,海军进驻南京下游卸甲甸,准备掩护冯军渡江。
        正当北军围攻之际,南京城内领导集团又起纠纷。第一师师长韩恢因不受该师官兵欢迎,转任第三军军长(新募之兵,徒有虚名),而张尧卿则对柏文蔚占去都督一职表示不满。柏文蔚见何海鸣不得人望,内部矛盾重重,强敌压境,前途无望,留书何海鸣,欲带第八师出走。八师官兵坚决反对,柏的卫队多数也不愿随行。结果,柏文蔚于8月25日仅率少数人出水西门离开南京,中途为北军击散,仅与祁耿寰化装工人,逃往上海,转赴日本亡命。于是,何海鸣又兼任江苏都督、第八师师长等职,全权指挥。何海鸣在南京的坚持,毕竟起了协调和维系军心的作用。
        25日夜,海军海琛、应瑞、楚有三舰暗渡上游,直抵大胜关,不仅截断了南京与芜湖的联系,且利用舰队炮火助陆军攻城,并协助北洋第四师等部自上游渡江。26日,北军全力攻城。张勋马队突入朝阳门,张宗昌第三师一部攻入神策门。张勋狂喜,电京告捷。但是,张勋马队一入城即遭到预设坑道的阻拦,被守军全部歼灭。张宗昌部也遭到城墙两侧火力封锁,被迫退出城外。仅第五师按兵不动,未遭损失。此次失败后,冯国璋严饬南岸各部约会海军,联合张军协同进攻,再也不敢轻率冒进了。28日晨,第八师二十九团约一百多人,出敌不意,由仪凤门出击,占领宝塔桥,直冲至幕府山下江岸处,距第三师司令部仅四五百米。敌死力抵抗,伤亡达四十余名,司令部被迫后撤。
        恰在这时,上游又传来芜湖失守的不利消息。8月26日,汤芗铭率长江上游水师攻克芜湖上游要地荻港。翌日,芜湖下游要地东梁山亦为庐州夏永伦部袭占。28日,倪嗣冲部统领王治国、安徽第一旅旅长顾琢塘会合海军进攻芜湖,龚振鹏弃城出走。至此,南京完全陷于孤立。
        29日,北军完成了对南京城的全面包围。张勋、徐宝山部攻朝阳门,第三师攻神策门,第五师攻太平门,雷震春第七师及杨善德第四师一部协攻雨花台,四师另一部扼守通向芜湖及秣陵关的要道,海军控制江面,南京的形势顿时险恶起来。于是,南京商界通过英国医生马林向何海鸣交涉,表示愿意出钱请讨袁军和平让城。何海鸣拿了商会的钱,向部队发了一次饷。但第八师士兵群众坚决反对和平让城,决心死战到底。作了让城准备的各部,也只得各回原防。30日,何海鸣召开军事会议,准备以攻为守。他计划以第一师出雨花台,攻击紫金山;新编第五师出朝阳门,接应合攻;第八师出太平门,突击天保城;新编第六师出仪凤门,攻幕府山。可是第一师迟迟没有行动,既打乱了出击计划,也打乱了守城部署。
        31日晨,北军发起了总攻击,讨袁军各部均为攻城敌军压制。9月1日晨,讨袁军卫队团长叛变,张勋所部乘机猛攻,用地雷轰开太平门、朝阳门间城垣,蜂拥而入。中午,敌第三师攻入神策门,第五师攻入太平门,徐宝山部也由通济门拥入。何海鸣、韩恢率讨袁军在钟鼓楼、内桥、鸽子桥一线进行巷战,终因敌我力量悬殊,一部由清凉山撤出城外,一部退守雨花台。下关及狮子山炮台也相继失守。9月2日晨,何海鸣率卫队及第一师第三团、第八师二十九团残部,在雨花台进行了最后一战,伤亡殆尽,队伍溃散。何海鸣与少数亲随躲于草丛中,后潜至武定桥下乘小船逃走。
        北军入城之后,已经无意扫清残敌,他们按照事先大掠三日的许诺,各部划分地盘,肆意进行抢劫。冯国璋部一把火把繁华的下关烧为灰烬,穿蓝大褂、拖长辫子的张勋所部士兵,更是到处烧杀淫掠,无恶不作。南京“被劫一空,虽家具什物,亦搬运全尽。各等人民皆体无完衣,家无一餐之粮”^[9]。在中国近代史上,雄伟壮丽的南京城,又一次遭到了浩劫!
        南京保卫战尽管失败了,南京革命英雄们的光辉业绩,在国内外正义人士中留下了不可磨灭的印象。英国医生马林后来在上海向人们热烈赞扬说:“第八师兵士实为今此革命之特色(第八师中尤以第二十九团为最优),足以当英雄之名而无愧,故彼等之声誉,当永留于中国之历史。”^[10]士兵群众顽强奋战的革命精神,同资产阶级革命领导人软弱、消沉的精神状态,形成了鲜明的对比。南京保卫战为二次革命谱下了最光荣的一章。
        南京的陷落,是二次革命最后失败的标志。但从全国来说,作为二次革命尾声的四川战线却还在激战。
        早在重庆宣布独立以前,四川讨袁军就以龙光为第一支队长,进驻永川,准备进攻泸州。独立宣布后,即分兵两支,一支由吕超率领,向隆昌进攻;主力自王坪向立石站、寒坡场进击。讨袁军又以余际唐率部进攻合江一线,配合进攻泸州。对重庆北面,则以防御为主。
        成都方面,胡景伊部将、四川第一师师长周骏驻守泸州。胡于重庆宣布独立后,令王陵基将所部模范团及四川第二、三师编组为一支队,由北路进攻重庆;令四川第四师师长刘存厚编组一支队沿江东下。8月12日,袁世凯命令鄂督黎元洪、陕督张凤翙、滇督蔡锷、黔督唐继尧“酌拨劲旅,会合兜剿”^[11]。四都督遵令拨队援川。
        战斗开始后,两军在隆昌、立石站—寒坡场相持不下,互有进退,讨袁军难以进展。8月14日,川军周骏所部左纵队即第一师第一团的营长梁渡、贺重熙、吴行光在隆昌前线击毙团长吴成礼,响应讨袁。28日,梁渡率部配合吕超夜袭泸州,直逼龙透关。周骏率部死守,岌岌可危。血战两昼夜,讨袁军屡攻不克。9月7日,讨袁军又四面攻泸。周骏在五峰顶督战,两军在泸州前方数里之草店子、半壁关、黄角村一带鏖战一日,讨袁军伤亡严重,攻势顿挫。
        这时,川军第四师于9月8日进占资中,9月10日攻克内江。北路王陵基支队一路攻占南充、定远,于9月10日占领渝北门户合川。南路援川黔军由旅长黄毓成率领占领綦江,兵逼重庆。滇军由刘云峰率一旅之众入川,进至宜宾。陕军由张钫率一师之众兵临夔州。于是,余际唐、吕超率部还救重庆。但熊克武已于9月11日离渝出走。12日,黔军占领重庆。讨袁军残部陆续溃散。四川讨袁军失败,整个二次革命战争完全沉寂。