1925年3月12日,孙中山先生在北京病逝,遗嘱:保存遗体,葬于南京紫金山①。
        为了永久保存遗体,孙科立即与北京协和医院商妥,由协和医院进行防腐处理,当日孙中山遗体被送入协和医院。经过准备,3月15日施行防腐手术,取出内脏火化(一说置于药水瓶内),腹腔洗涤干净,排除空气,缝合;遗体注入防腐药物。防腐手术后,举行小殓,依照中华民国礼制,孙中山身着大礼服,戴礼帽,足穿皮鞋。由卫士马超俊等人将遗体抬入楠木棺内。棺内壁为铅质,以玻璃为盖,玻璃上再加棺盖,揭去馆盖即可看见遗体。
        3月16日,汪精卫等人在北京李石曾宅召开了国民党中央委员政治会议,决定3月19日将灵柩移至中央公园社稷坛大殿,举行国民公祭,然后奉移北京西山碧云寺,在南京中山陵修竣之前,暂厝于此。
        3月19日上午10时,孙中山灵柩由协和医院移送中央公园。在十几万人的送殡队伍护送下,12时抵中央公园。20日起安灵三天,布置一切。24日、25日、26日三天正式受吊,接待来宾及吊唁团。3月27日到4月1日,公园开放任由民众致祭。
        3月30日,苏联政府特派员将赠送孙中山先生的钢棺送抵北京。苏联所送者为玻璃盖钢棺(俗称水晶棺),因棺略小而未能起用。此棺现存于北京西山碧云寺中山纪念堂内。
        国民公祭后,4月2日,孙中山灵柩由中央公园起送西山碧云寺。碧云寺坐落于北京西山东麓,始建何时已无记载,大抵是契丹以前的古刹,清乾隆年间曾事修葺。寺顶是绿色琉璃瓦,寺外墙由琉璃砖砌成,依山而建,雄伟壮观。1912年孙中山曾到此游览。3月16日,汪精卫、李石曾经过实地探察,认为寺后宝塔的石室适于存置灵柩,故确定下来。4月2日上午11时,孙中山灵柩由中央公园起灵,经由西长安街、西四牌楼、出西南门,赴西山本道。下午4时25分灵柩移至碧云寺。存柩处为寺内最高峰的金刚宝座塔,塔高34.7米,用汉白玉砌成,塔分上下两层,循石级可至塔顶。塔的中间为空室,有一个石龛。因塔过高,治丧处特意制作了一架仰角30度的木桥,由吴稚晖、喻毓西、李仙根、马超俊等人,将灵柩抬入状似木箱配有铁轮的车内,用绳子把车经木桥引至塔顶,孙科、戴恩赛(孙中山的女婿)把灵柩置于石龛之内,并以铁栏杆护围②。
        从此,孙中山灵柩暂厝于西山碧云寺。
        4月6日,葬事筹备委员会决定马湘、黄雅觉率卫士李荣等7人常驻碧云寺守护。碧云寺的一切事宜由李石曾与中法学校各校董及教职员负责。
        南京紫金山是孙中山早已看中的墓地。1912年4月1日,即孙中山总统卸职后的当天,孙中山与胡汉民、郭汉章等人去紫金山打猎。当时一行人由明孝陵至半山寺,孙中山提议休息片刻,自己向山上走去,至小茅山顶(现在的中山陵墓室处)停下来眺望四方,显得极有兴致。过了一会,孙中山对跟随在后的胡汉民、郭汉章说:你们看,这里有山有水,气象万千,较之明孝陵有过之而无不及,当年洪武皇帝为什么不葬在这里呢?胡汉民说:是呀,此处前有照后有靠,风水特好,称的上是一方大好墓地。孙中山点头笑着说:我将来死后能葬在这里也就心满意足了③。
        为了妥善地安葬孙中山先生,治丧结束后,在北京的国民党中央委员1925年4月4日推张静江、林森、于右任、戴季陶、邵力子、孔祥熙、叶楚伧、林业明、陈去病、杨庶堪等12人为葬事筹备委员。4月18日,在上海正式成立葬事筹备委员会,推杨铨为筹备处主任干事,孙科为家属代表。
        关于墓地选择,经孙夫人宋庆龄、孙科及葬事筹备委员会委员的实地勘察,于1925年4月23日议决以紫金山的中茅山南坡为建墓地点。当即派员测量,然后与南京当局交涉圈拨墓地事宜。当时,北京段琪瑞临时执政府已经决定对孙中山先生给以国葬,4月4日训令江苏督办卢永祥、省长韩国钧对建墓事宜妥为照料。然而葬事筹备委员会原定的6 000亩的陵园计划仍未能实现。7月12日确定墓地范围以墓地、墓道以及纪念建筑应用之地2 000亩为限。
        墓地选定后,1925年5月,登报向海内外悬奖征集陵墓设计图案。截至1925年9月15日,共收到中外建筑师40余人的应征图案30余幅。当即由宋庆龄、孙科、葬事筹备委员组成评选委员会,并聘请中国著名画家王一亭、南洋大学校长凌鸿勋、雕刻家李金发、德国著名建筑师朴士为特别顾问,进行评选。在9月20日举行的家属和筹备委员会联席会议上决定采用首奖吕彦直设计的图案。吕彦直祖籍山东,美国康耐尔大学建筑系毕业,1921年回国后,与人合作设立了彦记建筑事务所。在潜心研究中国皇陵和古罗马帝王陵寝的基础上,吕彦直设计了铜钟形陵墓图案,墓地全局似一警钟,陵墓建在钟的顶端铃铎处,寓意孙中山致力国民革命,唤醒国人。
        图案选好后,即聘吕彦直为建筑师,主持建筑详细图案及监工事务。陵墓第一期工程,经过招标,决定由姚新记营造厂承包,签订合同后,1926年1月开工,3月12日孙中山先生逝世一周年纪念日,在邓泽如的主持下举行了陵墓奠基典礼。第一期工程原计划一年完成,因局势动荡,拖了九个月到1927年9月始告完成。1926年10月,第二期工程包括陵墓大门、碑亭、卫士室、围墙以及自中山门直达陵墓的陵园大道与陵墓前的墓道,分别由上海新金记、徐成记营造厂承包。与此同时,陵园内的各项建设也加紧进行。到1929年春,各项建设大体竣工。
        陵墓建筑费用原定为30万元,后不断追加,到1931年实际建筑费用达到240万元,加上陵园建筑共费479万元。建筑费用主要来源于民众捐款,仅海外华侨捐款即达460万两白银。
        随着陵墓即将竣工,国民党开始筹备奉安事宜。1928年8月国民党二届五中全会上决定:1929年1月1日为孙中山先生的遗体安葬日。1928年9月27日,国民党第170次中常会,将奉安日期改为1929年3月12日。葬事筹备委员会呈请国民政府成立奉安委员会。1月14日奉安委员会成立,蒋介石任主席,孔祥熙为办公处总干事,下设九个组,各组及负责人为:一、总务组,叁军长何成浚任主任;二、文书组,文官长古应芬任主任;三、财务组,财政部长宋子文任主任;四、布置组,南京市长刘纪文任主任;五、警卫组,军政部长冯玉祥任主任;六、典礼组,内政部长赵戴文任主任;七、招待组,外交部长王正廷任主任;八、交通组,铁道部长孙科任主任;九、卫生组,卫生部长薛笃弼任主任。出版《奉安专刊》,张西曼任主任。同时令平汉路局赶造灵车;委托上海海丰公司向美国订购奉移汽车;向北平招集杠夫到南京训练。1928年12月20日,向北平派出迎柩专员林森、吴铁城、郑洪年,在北平成立迎柩办事处。嗣因南京迎柩大道没有如期完成,1929年2月,国民党中央第196次中常会又决定改期在6月1日举行奉安大典。
        1929年5月12日,孙科夫妇携子女和戴恩赛夫妇自南京北上迎柩。5月14日到北平,与先期到达的吴铁城、郑洪年前往西山碧云寺谒灵。5月19日,孙夫人宋庆龄从苏联专程回国到达北平。
        5月22日,重殓孙中山先生遗体。晨7时,马湘率卫士将孙中山灵柩移至灵堂,9时半,孙科、林森、吴铁城等人赶到。由协和医院医生史蒂芬率助手及护士,将遗体做进一步的防腐处理,然后孙科、林森、郑洪年、马湘为遗体更换柩衣,外穿蓝缎袍,黑马褂,丝袜,云头朝白鞋,戴白手套,冠大礼帽。更衣完毕,扶入由美国进口的紫铜棺(另有德国进口,英国进口两种说法),孙夫人宋庆龄率同家属亲视恭殓。殓毕,由孙科等人率同卫士封棺,奉至祭堂。原楠木棺连同重殓时退下的柩衣,封存于厝灵的石塔内,名孙中山先生衣冠冢,以为纪念。
        5月23日起,在北平举行三天公祭。5月26日,孙中山先生灵柩奉移南下。北平市内奉移路线为:碧云寺——玉泉山——青龙桥——万寿山——海淀街进西南门——新街口——西四牌楼——西长安街——西三座门——西长安门——天安门——中华门,出正阳门至东车站。
        5月26日晨1时,先由孙夫人率领亲属举行奠祭礼,然后,迎柩专员林森、郑洪年等人举行祭告及奉移礼,并鸣礼炮101响,礼毕,由杠夫24人起灵。移灵队伍的次序为:最前行为骑兵带队官,乘黑马,执开道旗;后为骑兵两名乘黑马,执党旗、国旗,旗梢缀以黑纱;后为前导骑兵一队,乘黑马,执长矛;随后为军乐队,奏哀乐;香山慈幼院男女学生600人,臂缠黑纱,手持素纱灯随后排列进行;次为遗像亭,亭用蓝白绸结彩,遗像高3尺,像前置孙夫人花圈,由杠夫20人肩行;次为提炉20对;次为护灵步兵两个连,荷枪拱卫,中为灵柩,后为护灵步兵两个连;再次为家属及送殡者;最后为骑兵队④。整个送殡队伍长达三华里,沿途每50步两名士兵站岗,道路两旁肃立的送灵群众多至30万人。
        下午3时1刻,灵柩抵东车站,奉移入灵车。灵车为蓝色,缀以国旗,并挂列车15辆。孙夫人在灵柩前一节车厢,孙科夫妇在后一节厢。4时半,铁甲压道车出发。5时正,灵车列车徐徐开动,奏哀乐,鸣礼炮,送殡队伍行礼而退。
        灵车沿途经天津、沧州、济南、泰安、兖州、临城、徐州、固镇等站。各地均设祭致奠。5月28日凌晨4时,灵车抵蚌埠车站,停50分钟,蒋介石携宋美龄迎候,安徽省主席方振武率党政军人员恭祭。5时左右由蒋介石的专车先导,灵车继续开行。上午11时,抵浦口车站,国民党中央执监委员、国民政府委员、特任以上官吏,在车站迎候,奏哀乐,鸣礼炮,行默哀礼后,奉移灵柩至威胜军舰渡江。12时,军舰抵中山码头,奉安委员会总干事孔祥熙率32名杠夫登舰,将灵柩奉移至岸上的“奉移汽车”内。蒋介石执绋,下午3时1刻,汽车到达丁家桥国民党中央党部,由32名杠夫奉移灵柩至党部礼堂。蒋介石主持举行停灵礼。从5月29日至31日,公祭三天。公祭期间,由蒋介石等中央委员以及各特任官66人三人一班,每班四小时,日夜轮流守灵。同时规定自28日起,全国各地一律下半旗七天,七日内全国人民臂缠黑纱,并停止一切娱乐及喜庆典礼。
        孙中山遗体经过防腐处理,原想长期保存,供人民瞻仰,后因局部变质,治丧委员会决定改用土葬。1929年6月1日是孙中山先生灵柩奉安大典日期。
        凌晨2时,奉安总指挥朱培德、总干事孔祥熙及各组主任到灵堂筹备。4时,孙中山先生家属、国民党中央委员、国民政府委员、孙中山亲故、葬事筹备委员会委员、迎柩专员以及各国专使齐集设在中央党部的中山先生灵堂,举行奉安典礼。胡汉民主祭,先奏哀乐,继行三鞠躬礼,默哀三分钟,胡汉民读诔文,读毕再奏哀乐,行三鞠躬礼,移灵典礼结束。孔祥熙指挥杠夫将灵柩奉移至特备的灵车(汽车)上,鸣礼炮101响,灵车启动。孙科及家属、蒋介石、各国专使、国民党中央委员、国民政府委员、各特任官依次在灵车右侧执绋,戴恩赛、宋子文、专使及外宾、迎柩专员、葬事筹备委员会委员、孙中山先生的中日故旧依次在灵车的左侧执绋。孙夫人宋庆龄以及宋美龄、陈淑英(孙科妻)、孙琬(中山先生之女)等女眷分乘十辆马车随灵车后护送。
        整个送行队伍依次分作十列,第一列由执开道旗、党旗、国旗的三名骑兵以及军乐队、骑兵连组成;第二列由总指挥朱培德、军乐队、淞沪警备司令部、一步兵团、教导团、中央党校全体、农民代表、工人代表组成;第三列由海军军乐队、救护队、陆战队、海军官长士兵、花圈队组成;第四列由警察乐队、警察官长士兵、妇女团体代表、全国铁路协会代表、商民代表、回教代表、学生团体代表组成;第五列由军乐队、海外华侨代表、蒙藏代表、各省市政府党部代表、京内各机关职员组成;第六列由军乐队、步兵一连、遗像亭组成;第七列由各国专使、军乐队、手枪队、国民党中央执监委员、国民政府委员、各特任官、中山先生家属亲故、灵车、家属马车组成;第八列由机关枪队组成;第九列是步兵一连,第十列骑兵一队执长矛殿后。
        9时20分,灵车开到陵墓前,孔祥熙、吴铁城、郑洪年率领十名杠夫将灵柩恭移上杠,9时45分起灵沿石阶而上,孙科、戴恩赛为前导,蒋介石、孔祥熙紧随其后,10时8分灵柩至祭堂前平台稍停,换用小杠,移入祭堂中央,执绋人员、家属、故旧等均入祭堂肃立。10时15分,举行奉安大典。由蒋介石主祭,献花圈,读诔文,文曰:“本党总理孙先生,于中华民国十四年三月十二日,在北平殂落,殡于西山碧云寺。吾党恪遵遗命,营葬南京紫金山之阳。迨至中华民国十八年,寰宇底定,车书式同,而陵墓工程,亦已告竣,五月二十六日,迎榇南来。二十八日抵南京,在中央党部公祭三日。六月一日,敬谨举行奉安典礼。国民政府主席蒋中正、行政院院长谭延闿、立法院院长胡汉民、司法院院长王宠惠、考试院院长戴传贤、监察院院长蔡元培及各委员率同文官处参军处全体职员,敦援古者垒述功德之义,以志哀仰。谨作诔曰。天生总理,辅相裁成。范围百世,覆育群生。诲人谆谆,知难行易。此理既明,俎功不洎,人伦道德,陵夷至今。发挥光大,拔人于禽。异学争鸣,诞敷文教。国之华兮,赖夫振导。国民革命,扶危定倾。后无来者,前无古人。建设国家,三民主义,独先创行。聪明睿知,岂第君子,博爱和平,神武不杀,此其至仁。睥睨群雄,锄除非种,夷险芟荒,是为大勇。呜呼总理,乃圣乃神,巍巍荡荡,民莫能名,吾党慎旃,齐心继述。旧德前功,庶几无失。石城虎踞,钟阜龙蟠。山陵习吉,窀穸斯安。惟此间宫,千秋万岁。国以永宁,生民乐利。”⑤
        中午12时整,中山先生灵柩奉移入墓穴,鸣炮101响,全国民众停止工作,默哀三分钟,最后由孙夫人宋庆龄率领孙科夫妇、戴恩赛夫妇等人将墓门封闭,奉安大典告成。