以日苏签署《中立条约》为转折点,中苏关系逐渐逆转。1941年6月,苏德战争爆发,苏联的生存面临严峻考验,对华援助完全中止,其远东政策的重心从战争初期的帮助中国拖住日本,确保自身安全,转变为敷衍中国,稳住日本,避免两线作战,两国在欧洲大战爆发后已经淡化与松懈的双边关系迅速恶化。另一方面,太平洋战争爆发后,中美实现结盟,美国援华的力度大大加强,占据了主导地位,国民政府转而依靠美国的帮助战胜日本,苏联在国民政府外交中的地位一落千丈。苏联驻华军事总顾问崔可夫对此感触尤深,指出以蒋介石为首的国民党依靠美国的意向“越来越明显”,他“在中国已无事可做”^[1]。
        中苏间的正面冲突是从新疆问题开始的。新疆地处西北边陲,同苏联的中亚地区接壤。1933年4月,新疆地方军阀盛世才发动政变,依靠苏联军队的支持,平定了新疆的各种反对势力,稳定了统治,苏联势力也随之渗入新疆,中央政府鞭长莫及,失去了对于该地的权力控制。新疆成为苏联的势力范围,不仅苏联军队可以在新疆常驻,而且苏联有权在新疆开矿、采油、采金和修筑铁路,新疆的对外贸易,完全依赖苏联,而与内地中断了联系。抗日战争爆发后,国民政府虽然经由新疆运输各种苏联援华物资入内地,但新疆与中央政府的关系却依然如旧。这种状况至1941年前后发生变化,由于盛世才与新疆地方民族势力间的矛盾以及苏联势力的介入,引起双方的猜疑、摩擦、冲突以至残杀;另一方面,也由于苏联在苏德战争中暂时失利,导致盛世才对苏联的离心倾向,并向国民政府输诚。盛世才在致蒋介石的信中,指责苏联“挂着马克思主义假招牌,以帮助落后国家与民族为名,暗中进行其侵略伎俩,其用心较之其他帝国主义者尤为毒辣!”检讨他过去的“联苏”,“实由学识与经验之不足,致被挂着马克思主义假招牌的人们所愚弄欺骗”,表示今后绝对不能再与此类合作,“誓以致诚拥护钧座与国民党之领导,效忠党国”等^[2]。
        盛世才的“倒戈”,给国民政府控制新疆创造了条件。国民政府迅速制订《收复新疆主权方案》,规定:“一面利用盛之地位及力量并扶之,使其逐渐中央化;一面敷衍苏联,迟缓其对新之策动并尽速加强我甘、青、藏边军务,及一切必要之准备,俟机再确实控制之”;并计划将美、英势力引入新疆等^[3]。1942年7月,国民政府利用盛世才在新疆策动反苏行动,逮捕新疆政府中的亲苏人员,并于年底迫使苏联驻哈密地区的红八团部分人员撤退。8月,国民政府很快决定了对苏方针及实施步骤,主要内容是:一、关于苏方在新取得之合法利益应由中央与之商订;二、如无协定根据而无关主权时,应分别予以调整;三、其所得利益妨碍我主权时,应分别予以调整或取缔;四、关于国境检查,我国应在霍尔果斯及其他新边要地派驻军队布置防务,作为中央恢复新疆主权之一种表示;五、苏联飞机入新省境内,须先依照外国航空器飞行国境统一办法及检查暂行办法办理,否则以非法越界论;六、苏联车辆未经中国政府许可,不得擅自入境;七、苏联人民未持有我国合法出入境签证者,不得擅自出入新疆省境等。并强调:“苏方在新非法行动相沿已久,兹予矫正,自感不便,但在现在国际局势之下,我方进行调查与之提高,苏方似不致公然表示拒绝,惟难免有色取行违情形,我方似应选派精明干练之负责人员执行之,并先派兵入新以为我决心处置之表示,但在实际上不可过于操切,以免影响邦交。”^[4]随即中方开始采取一系列行动。
        苏联方面迅速作出反应。苏联驻华大使潘友新多次直接会见蒋介石,交涉新疆问题,同时在新疆采取报复行动。1943年1月,苏联驻迪化总领事普式庚宣布:“新疆当局之反苏行为,迫使苏联决定撤回对新疆的一切支援。”红八团撤退时,拆除了独山子油田机器和头屯河铁工厂机器,运回苏联。4月10日,普式庚再次声明:完全停止苏联在新疆的地质考查团工作,撤回工作人员和机器^[5]。5月17日,由苏联驻华大使与国民政府代表进行了将近十个月的中苏合办独山子油矿谈判,也因苏方拆除设备运苏而告中止^[6]。6月16日,苏联驻华大使潘友新将苏方决定正式通知中国官方:一、撤销迪化飞机厂,将新疆苏联工人、职员及技术人员,以及苏联设备运回苏联;二、停止独山子油矿及炼油工作,召回各专家,并将自有设备运回苏联;三、缩减苏联驻新疆商业机关之活动;四、召回在新疆之其他苏联专家^[7]。1944年2月,国民政府资源委员会和苏联对外贸易人民委员部签署合同,中方以170万美元现款购买苏方在独山子油矿遗留之全部油井建筑及设备,并于21日接收完竣^[8]。自此,中苏在新疆的经济合作完全停顿。
        然而,中苏在新疆的交涉却并未结束。由于盛世才在新疆的残暴统治,激起新疆各族人民的仇恨和反抗。苏联的影响和卷入也鼓励了部分新疆少数民族领袖反对国民党统治的愿望。自1943年春起,新疆不断发生各族人民的起义。1944年8月,国民政府逼迫盛世才提出辞呈,任命吴忠信为新疆省主席,企图缓和新疆各族人民的不满情绪。但由于对苏关系恶化后,中苏边疆贸易锐减,物价飞涨,人民生活大幅下降,致使各族人民的反抗斗争有增无减,至1944年底形成“三区革命”的高潮。此时,由于苏联的反法西斯战争已进入反攻阶段,苏联已不再担心来自西部边界的威胁,对新疆政策也转趋强硬,对新疆各族人民的反抗斗争明里暗里采取支持的态度,甚至出动飞机轰炸中国军队,这引起国民政府的更大疑忌和仇视,两国间交涉不断,中方质问苏联驻华大使,指责苏联飞机轰炸中国军队,要求苏方调查该项飞机来源,并防止类似事件发生;苏方则称该事件系由中国军队因追缉哈萨克人民、遂侵入外蒙古之领土引起,声明苏方根据1936年3月苏蒙互助条约,为保护外蒙古领土安全起见,将不得不予该共和国以一切必需之援助及支持等。双方的争执复转向外蒙古主权问题,中方声明根据1924年中俄解决悬案大纲协定,苏联承认外蒙古为中国之一部分及在该领土内中国之主权;1936年之苏蒙互助协定,中方当时即提出抗议,不予承认,苏方当时亦在复照中重行确认1924年中俄协定仍保持其效力等。蒋介石还将该事件诉之于罗斯福总统,希望美方予以干涉,但罗斯福却复电蒋介石,建议暂时搁置外蒙古、新疆边境事件,“以待此次战争之结束”,事态虽未恶化,但争执却进一步升级了^[9]。
        中苏关系恶化的另一标志是国民政府在国内不断挑动反苏行动。随着中国共产党领导的抗日武装力量和敌后抗日根据地的日益壮大,国共摩擦、冲突的日益升级,蒋介石越来越将共产党问题与“第三国际”与苏联政府的支持相联系,由此而对苏联产生越来越强烈的恶感,并大量削减对苏贸易等,恶化两国关系。苏联政府也采取了相应的行动,1942年3月,召回了苏联驻华军事代表团,开始对国民政府采取公开批评的态度。1943年夏,当国民党顽固派再次大规模发动反共摩擦,苏联政府公开指责国民政府抗战不力和对中国共产党领导的抗日力量进行围攻。1944年夏,苏联新闻媒体更是连篇累牍地发表文章,批评蒋介石不将全部兵力用于抗日作战,而是使用大量兵力包围陕甘宁边区,抨击国民党军队在豫湘桂战役中没能组织好对日本军队的反击,大多数部队一触即溃,一败千里,向同盟国呼吁改组中国国民政府,给国民政府造成了很大的国际压力。
        苏联政府还在同盟国内部和国际事务中有意贬低、留难国民政府。当美国政府欲将中国列入世界四强行列时,曾一再遭到苏联政府的反对和阻难。1943年10月,苏联政府曾反对中国签署《普遍安全宣言》。11月,斯大林又借口苏联未与日本处于战争状态,拒绝罗斯福提出的举行美、英、苏、中四国元首会议的建议,不愿与中国平起平坐讨论国际问题。德黑兰会议期间,罗斯福多次和斯大林讨论中国问题,斯大林始终对中国抱蔑视的态度,罗斯福提出:战后应由美、英、苏、中四大国组成一个“有权立即处理对和平的任何威胁”的警察委员会。斯大林表示:他不认为中国在战争结束时会是强大的,要中国参加四大国会议或组织,显然是不合适的。罗斯福解释说,他并不是不认识现在的中国很弱,而是想到更远的将来,毕竟中国是一个有四亿人民的国家,将他们当作朋友,总比当作一个潜在的麻烦来源要好一些。但是,斯大林依然不置可否。1944年夏秋间,当筹备建立联合国的顿巴敦橡胶园会议召开时,苏联政府再次拒绝与中国代表坐在一起。会议不得不重演开罗—德黑兰的一幕,分为两个阶段举行,使中国处于美、英、苏决定重大问题后被通知的被动境地,这使中国的对苏不满情绪益发增强。1944年下半年,中苏关系下降到了抗日战争开始以来的最低点^[10]。